version
PlantPromoterDB promoter information of J053101D09

Summary of Gene (J053101D09)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 8  
Locus Os08g0155000        NCBI 
Gene model J053101D09  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 8: 3171526-3170327)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
J053101D09                       5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AK069865            
AK104886            
J013089M01          
J023037M15          
J033068E03          
J090021P19          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J053101D09

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-3169556-780

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCCCCTC-31695893169596-813-820
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGATGGGCCTAATGGGCCAAGCCCATCAAGGCCCACAC-31696073169644-831-868
 OsREG590 GATGGGCC                              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474  ATGGGCCT                             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG656   TGGGCCTA                            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610         TAATGGGC                      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431          AATGGGCC                     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488           ATGGGCCA                    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG660            TGGGCCAA                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG519                CCAAGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG496                 CAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429                  AAGCCCAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG466                   AGCCCATC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607TGATGGGC            GCCCATCA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG497                          CAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430                           AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG472                            AGGCCCAC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG627                             GGCCCACA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG598                              GCCCACAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATGGGCTCGGCCCATAT-31696493169667-873-891
 OsREG605TTATGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG465 TATGGGCT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG575       CTCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658        TCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490         CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630          GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG480           GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakCclone+3170598AK069865, J033068E03, J013089M01, AK104886, AK069865, J023037M15, J090021P19

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCCACCTG+31703383170345AK069865, AK104886, J013089M01, J023037M15, J033068E03, J090021P19
 OsREG514CCCACCTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGGTGGGGCC+31703703170380AK069865, AK104886, J013089M01, J023037M15, J033068E03, J090021P19
 OsREG528CGGGTGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG612  GGTGGGGC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG631   GTGGGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGCCCATTA+31703913170398AK069865, AK104886, J013089M01, J023037M15, J033068E03, J090021P19
 OsREG610GCCCATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGCCACGTCACGCCTCGCCC+31704023170421AK069865, AK104886, J013089M01, J023037M15, J033068E03, J090021P19
 OsREG448CGCCACGT             PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG585 GCCACGTC            PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG505   CACGTCAC          PPDB MotifACGT  PLACE MotifTGAC 
 OsREG503        CACGCCTC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG549            CCTCGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGTCCCA+31705083170515AK069865, AK104886, J013089M01, J023037M15, J033068E03, J090021P19
 OsREG648GGGTCCCA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.