version
PlantPromoterDB promoter information of J065019B03

Summary of Gene (J065019B03)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 6  
Locus Os06g0698711        NCBI 
Gene model J065019B03  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 6: 30220411-30219212)

Genome position     
from initiation codon
AK070810            
J065047C24          
TSS from cDNA
TSS information
J065019B03                       5'->3' (-)
Promoter sequence



 
004-013-F09         
006-099-E12         
009-074-D06         
009-081-C02         
013-065-B10         
AK100361            
AK105781            
J013088K23          
J013158L05          
J023083M02          
J075034E21          
J075049F24          
J075055A21          
J100044A04          
J100058I01          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065019B03

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone-30219602-191

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGACACGTCTCGGCC-3021978030219794-369-383
 OsREG452CGACACGT        PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG506   CACGTCTC     PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
 OsREG635       TCTCGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+30219310AK100361, 009-074-D06, 004-013-F09, AK105781, AK100361, J023083M02, 013-065-B10, J100058I01, J013088K23, 006-099-E12, 009-081-C02, J013158L05, J075034E21, J075049F24, J075055A21, J100044A04

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGGCTATATACAC+3021927030219281004-013-F09, 006-099-E12, 009-074-D06, 009-081-C02, 013-065-B10, AK100361, AK105781, J013088K23, J013158L05, J023083M02, J075034E21, J075049F24, J075055A21, J100044A04, J100058I01
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGACACGTCTC+3021921230219222004-013-F09, 006-099-E12, 009-074-D06, 009-081-C02, 013-065-B10, AK100361, AK105781, J013088K23, J013158L05, J023083M02, J075034E21, J075049F24, J075055A21, J100044A04, J100058I01
 OsREG452CGACACGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG506   CACGTCTC PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
REGCCACGCGTCGC+3021923030219240004-013-F09, 006-099-E12, 009-074-D06, 009-081-C02, 013-065-B10, AK100361, AK105781, J013088K23, J013158L05, J023083M02, J075034E21, J075049F24, J075055A21, J100044A04, J100058I01
 OsREG443CCACGCGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG559   CGCGTCGC PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.