PlantPromoterDB promoter information of J065022N01

Summary of Gene (J065022N01)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0438800 NCBI
Gene model	J065022N01
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 15413734-15414933)

`Genome position from initiation codon` AK060412 AK100065 AK103195 AY224478 J013160O05 J023030C05 J033025O04 J033121P15 J043034I23 J065022N02 J065023M01 J065101G13 J075058P13 J075186K10 J075199F17 TSS from cDNA TSS information J065022N01 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065022N01

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 15413930 -804

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	15413930	-804

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCTCTCTCTCTCCTC + 15413917 15413933 -817 -801

Y Patch TCTCTCTCT + 15413937 15413945 -797 -789

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCTCTCTCTCTCCTC`	+	15413917	15413933	-817	-801
Y Patch	`TCTCTCTCT`	+	15413937	15413945	-797	-789
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGGGCCCCACG + 15413652 15413664 -1082 -1070

OsREG441 ACCGGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543 CCGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG567   CGGGCCCC    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572      GCCCCACG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCACGCG + 15413696 15413703 -1038 -1031

OsREG530 CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGCGTGCGGTG + 15413768 15413778 -966 -956

OsREG555 CGCGTGCG    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG500    GTGCGGTG PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCGGCCCGGGCCCACCC + 15413793 15413810 -941 -924

OsREG615 GCCGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG544   CGGCCCGG         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG539    GGCCCGGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543       CCGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566        CGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640         GGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628          GGCCCACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG600           GCCCACCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCGGCCCCACCTGTCAG + 15413813 15413830 -921 -904

OsREG538 CCCGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631    GGCCCCAC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612     GCCCCACC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514       CCCACCTG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG436        CCACCTGT    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG501         CACCTGTC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG551           CCTGTCAG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GTGGCCCAGG + 15413839 15413848 -895 -886

OsREG653 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG578 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG550   GGCCCAGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGGGCCCCACG`		+	15413652	15413664	-1082	-1070
	OsREG441	`ACCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCACGCG`		+	15413696	15413703	-1038	-1031
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGCGTGCGGTG`		+	15413768	15413778	-966	-956
	OsREG555	`CGCGTGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG500	`GTGCGGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCCGGCCCGGGCCCACCC`		+	15413793	15413810	-941	-924
	OsREG615	`GCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG544	`CGGCCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG539	`GGCCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG600	`GCCCACCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCGGCCCCACCTGTCAG`		+	15413813	15413830	-921	-904
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG436	`CCACCTGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG501	`CACCTGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG551	`CCTGTCAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GTGGCCCAGG`		+	15413839	15413848	-895	-886
	OsREG653	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG578	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG550	`GGCCCAGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None