PlantPromoterDB promoter information of J065044C17

Summary of Gene (J065044C17)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0634900 NCBI
Gene model	J065044C17
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 26339890-26341089)

`Genome position from initiation codon` TSS from cDNA TSS information J065044C17 5'->3' (+) Promoter sequence 003-004-F03 009-069-F08 AK059694 J013067H17 J013154H24 J023128E17 J033120A21 J053050F13 J053077G20 J053090B15 J053098J24 J065100G18 J065127K04 J065157N17 J075137F15 J075195F14 J080014C14 J080014E08 J090029A19 J100059N24 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065044C17

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 26341119 -121

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	26341119	-121

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCTCTCTCTCCTCTT + 26341083 26341103 -157 -137

Y Patch CCTCCCTCTC + 26341127 26341136 -113 -104

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCTCTCTCTCCTCTT`	+	26341083	26341103	-157	-137
Y Patch	`CCTCCCTCTC`	+	26341127	26341136	-113	-104
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCGCGTC + 26340884 26340891 -356 -349

OsREG583 GTCGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

REG AGCCGTTGGCCCGTGGG + 26340938 26340954 -302 -286

OsREG469 AGCCGTTG          PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG518 GCCGTTGG         PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG531          CCCGTGGG PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

REG TCATGGGCTGA + 26341001 26341011 -239 -229

OsREG609 TCATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467 CATGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG491   ATGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCCAGA + 26341021 26341032 -219 -208

OsREG456 AGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577    TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG638     GGGCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCGGCCCAAG + 26341035 26341045 -205 -195

OsREG644 TCCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   CGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG581    GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCACCAC + 26341047 26341054 -193 -186

OsREG527 CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCGCGTC`		+	26340884	26340891	-356	-349
	OsREG583	`GTCGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGCCGTTGGCCCGTGGG`		+	26340938	26340954	-302	-286
	OsREG469	`AGCCGTTG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG518	`GCCGTTGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG531	`CCCGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`TCATGGGCTGA`		+	26341001	26341011	-239	-229
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`CATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCAGA`		+	26341021	26341032	-219	-208
	OsREG456	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCGGCCCAAG`		+	26341035	26341045	-205	-195
	OsREG644	`TCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG581	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCACCAC`		+	26341047	26341054	-193	-186
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 26340935 AK059694, J013067H17, AK059694, 003-004-F03, J075195F14, J053077G20

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	26340935	AK059694, J013067H17, AK059694, 003-004-F03, J075195F14, J053077G20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCCC - 26340952 26340959 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

Y Patch TCTTCCTCCTC - 26340966 26340976 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCCC`	-	26340952	26340959	003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14
Y Patch	`TCTTCCTCCTC`	-	26340966	26340976	003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCAGCCCATGA - 26341001 26341011 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

OsREG657 TCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 CAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467   AGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG609    GCCCATGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTGGCCCATCT - 26341021 26341032 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

OsREG638 TCTGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577 CTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590    GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456     GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCCGGA - 26341035 26341045 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

OsREG581 CTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563 TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542   TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644    GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGTGGG - 26341047 26341054 003-004-F03, AK059694, J013067H17, J053077G20, J075195F14

OsREG527 GTGGTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif