PlantPromoterDB promoter information of J065047C13

Summary of Gene (J065047C13)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0744000 NCBI
Gene model	J065047C13
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 32088377-32089576)

`Genome position from initiation codon` AK064898 AK104827 J013000L12 J013156N02 J065001H14 J065038D18 J065039I18 J065053J09 J065064G03 J065066M05 J065068O10 J065090H22 J065113L19 J065121M02 J065122K23 J065138C12 J065153E14 J065156N12 J065158L20 J065166I06 J065174L15 J065175N03 J090092C23 TSS from cDNA TSS information J065047C13 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065047C13

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 32089094 -283

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	32089094	-283

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTCCGAT + 32088804 32088811 -573 -566

OsREG484 CGTCCGAT PPDB Motif PLACE Motif

REG CGGACGGA + 32088860 32088867 -517 -510

OsREG561 CGGACGGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGGGCC + 32088875 32088882 -502 -495

OsREG424 AACGGGCC PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif

REG AGCCCACGGG + 32088886 32088895 -491 -482

OsREG463 AGCCCACG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG547 GCCCACGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG531   CCCACGGG PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

REG TCCGGCCCAAAC + 32088910 32088921 -467 -456

OsREG644 TCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593     GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCAAGCCCAAAA + 32088968 32088979 -409 -398

OsREG519 CCAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG496 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426   AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG592     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTCCGAT`		+	32088804	32088811	-573	-566
	OsREG484	`CGTCCGAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGGACGGA`		+	32088860	32088867	-517	-510
	OsREG561	`CGGACGGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACGGGCC`		+	32088875	32088882	-502	-495
	OsREG424	`AACGGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACGGG`		+	32088886	32088895	-491	-482
	OsREG463	`AGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG547	`GCCCACGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG531	`CCCACGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`TCCGGCCCAAAC`		+	32088910	32088921	-467	-456
	OsREG644	`TCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCAAGCCCAAAA`		+	32088968	32088979	-409	-398
	OsREG519	`CCAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG496	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG457	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG592	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None