PlantPromoterDB promoter information of J065049E09

Summary of Gene (J065049E09)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0701400 NCBI
Gene model	J065049E09
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 30412187-30410988)

`Genome position from initiation codon` `AJ491855 TSS from cDNA TSS information J065049E09 5'->3' (-) Promoter sequence Os06g0701500 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065049E09

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 30405955 -68

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	30405955	-68

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTGGCCCAGA - 30405995 30406004 -108 -117

OsREG577 CTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG578 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629   GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACATGGGCTTTTCATGGGCCAGA - 30406012 30406034 -125 -147

OsREG437 ACATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467 CATGGGCT               PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG429   ATGGGCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421    TGGGCTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG419     GGGCTTTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG609            TCATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517             CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG488              ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577               TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG638                GGGCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTGGGCCAA - 30406052 30406062 -165 -175

OsREG603 GGCTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620 GCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG578   CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTGGCCCAGA`		-	30405995	30406004	-108	-117
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG578	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACATGGGCTTTTCATGGGCCAGA`		-	30406012	30406034	-125	-147
	OsREG437	`ACATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`CATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG429	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG419	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTGGGCCAA`		-	30406052	30406062	-165	-175
	OsREG603	`GGCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG578	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None