PlantPromoterDB promoter information of J065078N12

Summary of Gene (J065078N12)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0366100 NCBI
Gene model	J065078N12
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 17067640-17068839)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J065078N12 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065078N12

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 17070284 -106

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	17070284	-106

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCCCTCA + 17070008 17070015 -382 -375

OsREG652 GTCCCTCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GGTCCCACC + 17070181 17070189 -209 -201

OsREG650 GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG651 GTCCCACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AGGTGGGCCCCACCTGTCAG + 17070206 17070225 -184 -165

OsREG476 AGGTGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    TGGGCCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641     GGGCCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631      GGCCCCAC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612       GCCCCACC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514         CCCACCTG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG436          CCACCTGT    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG501           CACCTGTC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG551             CCTGTCAG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCCCTCA`		+	17070008	17070015	-382	-375
	OsREG652	`GTCCCTCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GGTCCCACC`		+	17070181	17070189	-209	-201
	OsREG650	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG651	`GTCCCACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AGGTGGGCCCCACCTGTCAG`		+	17070206	17070225	-184	-165
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG436	`CCACCTGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG501	`CACCTGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG551	`CCTGTCAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None