version
PlantPromoterDB promoter information of J065078N12

Summary of Gene (J065078N12)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 8  
Locus Os08g0366100        NCBI 
Gene model J065078N12  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 8: 17069290-17070489)

Genome position     
from initiation codon
009-094-B11         
009-121-H06         
009-156-E04         
AK061882            
AK120339            
J013060M10          
J023081O13          
J023135H23          
J033095L23          
J065010L09          
J065016A02          
J065040P10          
J065041H14          
J065043F09          
J065045E03          
J065058D03          
J065058F23          
J065068F20          
J065075L19          
J065089E11          
J065105J19          
J065162I03          
J065164D10          
J065170B05          
J065172C15          
J065218F06          
J075011M06          
J075031P09          
J075038D14          
J075039K19          
J075039M06          
J075057L17          
J075059F17          
J075104H19          
J075109J04          
J075118C23          
J075120B14          
J075153I11          
J075156C19          
J075166J20          
J075170C06          
J075173J21          
J075182D17          
J075189D21          
J075196E02          
J075199G22          
J080319I05          
J090043E13          
J090052H04          
J100017P07          
J100033M11          
J100034M11          
J100051E13          
J100057L03          
J100059G23          
J100072F15          
J100074A21          
J100076K21          
J100081K08          
TSS from cDNA
TSS information
J065078N12                       5'->3' (+)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065078N12

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+17070284-106

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTCCCTCA+1707000817070015-382-375
 OsREG652GTCCCTCA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGGGTCCCACC+1707018117070189-209-201
 OsREG650GGTCCCAC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG651 GTCCCACC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGAGGTGGGCCCCACCTGTCAG+1707020617070225-184-165
 OsREG476AGGTGGGC             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628 GGTGGGCC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640  GTGGGCCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647   TGGGCCCC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641    GGGCCCCA         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631     GGCCCCAC        PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG612      GCCCCACC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG514        CCCACCTG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG436         CCACCTGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG501          CACCTGTC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG551            CCTGTCAG PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.