version
PlantPromoterDB promoter information of J065096I18

Summary of Gene (J065096I18)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0795800        NCBI 
Gene model J065096I18  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 33956886-33955687)

Genome position     
from initiation codon
AK102207            
J013065G21          
J023014M02          
J023026E12          
J023036I07          
J023079M08          
J023129D24          
J033087H03          
J033115G02          
J033122G06          
J033150J15          
J043003K05          
J065043O20          
J065064L16          
J065065H20          
J065114A10          
J065164G10          
J065178L20          
J075071D20          
TSS from cDNA
TSS information
J065096I18                       5'->3' (-)
Promoter sequence







 
012-092-G05         
015-043-D09         
016-078-G11         
AK068660            
J013162K14          
J023001L04          
J053032K11          
J065059E10          
J065095H19          
J065181M06          
J100047D11          
J100068G04          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065096I18

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-33956089-203

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCCTCCTCCTC-3395604333956056-157-170
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCACGAA-3395615433956161-268-275
 OsREG529CCCACGAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCCGGCCCATAT-3395637733956388-491-502
 OsREG644TCCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542 CCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630   GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG480    GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone+33956538AK068660, J053032K11, 016-078-G11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04, 012-092-G05, AK068660, J013162K14, 015-043-D09, J023001L04

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTCCCT+3395650033956509012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATATGGGCCGGA+3395637733956388012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
 OsREG480ATATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630 TATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542   TGGGCCGG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG644    GGGCCGGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCAGGCCCATTA+3395640733956418012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
 OsREG524CCAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG513 CAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474  AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431   GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610    GCCCATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGATGGGCCGA+3395642633956436012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
 OsREG456AGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG590 GATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  ATGGGCCG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658   TGGGCCGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTCGGCCCAAT+3395645133956461012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
 OsREG575CTCGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658 TCGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG563  CGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG492   GGCCCAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGACACGT+3395646933956476012-092-G05, 015-043-D09, 016-078-G11, AK068660, J013162K14, J023001L04, J053032K11, J065059E10, J065095H19, J065181M06, J100047D11, J100068G04
 OsREG452CGACACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.