PlantPromoterDB promoter information of J065122L11

Summary of Gene (J065122L11)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0807800 NCBI
Gene model	J065122L11
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 34617776-34618975)

`Genome position from initiation codon` AK059286 AK121037 J065037H13 J065045D16 J065058G09 J065060C24 J065061N20 J065063J12 J065065C21 J065065G12 J065081D03 J065127I19 J065137H23 J065165H20 J065165M20 J065193P19 J075083N10 J075152I19 J075152L21 J075191K13 TSS from cDNA TSS information J065122L11 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065122L11

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 34619713 -513

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	34619713	-513

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCGTATAAATA + 34619679 34619689 -547 -537

Y Patch CCCTTCTCC + 34619690 34619698 -536 -528

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCGTATAAATA`	+	34619679	34619689	-547	-537
Y Patch	`CCCTTCTCC`	+	34619690	34619698	-536	-528
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAGGCCCAAT + 34619467 34619476 -759 -750

OsREG513 CAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATGGGCTTA + 34619518 34619527 -708 -699

OsREG432 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429 ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG655   TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGCCCATG + 34619561 34619570 -665 -656

OsREG487 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488 TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TGATGGGCCTGA + 34619575 34619586 -651 -640

OsREG607 TGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG646     GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATTGGGCCGAAGAGGCCCAGCCCACTTG + 34619606 34619634 -620 -592

OsREG596 TATTGGGC                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658    TGGGCCGA                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642     GGGCCGAA                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587             GAGGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473              AGGCCCAG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620               GGCCCAGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG603                GCCCAGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG533                 CCCAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523                  CCAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG498                      CCCACTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAGGCCCAAT`		+	34619467	34619476	-759	-750
	OsREG513	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATGGGCTTA`		+	34619518	34619527	-708	-699
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG655	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCATG`		+	34619561	34619570	-665	-656
	OsREG487	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TGATGGGCCTGA`		+	34619575	34619586	-651	-640
	OsREG607	`TGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG646	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATTGGGCCGAAGAGGCCCAGCCCACTTG`		+	34619606	34619634	-620	-592
	OsREG596	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG603	`GCCCAGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG498	`CCCACTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None