PlantPromoterDB promoter information of J065171M17

Summary of Gene (J065171M17)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0924000 NCBI
Gene model	J065171M17
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 42247509-42248708)

`Genome position from initiation codon` `016-016-B08 J100063P14 TSS from cDNA TSS information J065171M17 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065171M17

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 42248710 -49

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	42248710	-49

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCTCC + 42248661 42248669 -98 -90

Y Patch TCTCTTTC + 42248714 42248721 -45 -38

Y Patch TTCTCCTC + 42248724 42248731 -35 -28

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCTCC`	+	42248661	42248669	-98	-90
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	42248714	42248721	-45	-38
Y Patch	`TTCTCCTC`	+	42248724	42248731	-35	-28
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTATGGGCCGGCCC + 42248436 42248449 -323 -310

OsREG606 GTATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG615     GGGCCGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCACAA + 42248468 42248478 -291 -281

OsREG582 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427 AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG461   AGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG597    GCCCACAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGCCCACAA + 42248482 42248492 -277 -267

OsREG566 CGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640 GGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627   GGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG597    GCCCACAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCACGTGCTGGGCCGGC + 42248525 42248542 -234 -217

OsREG508 CCCACGTG           PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG620        GCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565         CTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542          TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG615           GGGCCGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCTGGGCCAA + 42248568 42248577 -191 -182

OsREG620 GCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG578 CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660   TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTGGGCCGGA + 42248581 42248592 -178 -167

OsREG449 ACGTGGGC     PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571 CGTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564   GTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644     GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGATGGGCCGTA + 42248611 42248622 -148 -137

OsREG607 TGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG645     GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCACGT + 42248651 42248659 -108 -100

OsREG463 AGCCCACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG449 GCCCACGT PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTATGGGCCGGCCC`		+	42248436	42248449	-323	-310
	OsREG606	`GTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG615	`GGGCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCACAA`		+	42248468	42248478	-291	-281
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG461	`AGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG597	`GCCCACAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCCACAA`		+	42248482	42248492	-277	-267
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG597	`GCCCACAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCACGTGCTGGGCCGGC`		+	42248525	42248542	-234	-217
	OsREG508	`CCCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG615	`GGGCCGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCTGGGCCAA`		+	42248568	42248577	-191	-182
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG578	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGTGGGCCGGA`		+	42248581	42248592	-178	-167
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`GTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGATGGGCCGTA`		+	42248611	42248622	-148	-137
	OsREG607	`TGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG645	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACGT`		+	42248651	42248659	-108	-100
	OsREG463	`AGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG449	`GCCCACGT`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None