version
PlantPromoterDB promoter information of J065176G17

Summary of Gene (J065176G17)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0823800        NCBI 
Gene model J065176G17  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 35448225-35447026)

Genome position     
from initiation codon
004-012-A11         
009-078-C10         
AK058223            
AK061336            
AK067508            
AK071234            
J013110L21          
J043037N19          
J065012E19          
J065017J03          
J065060F05          
J065090G04          
J065105F05          
J065106H06          
J065109J21          
J065146E18          
J065183F13          
J065196I02          
J065200C15          
J065215D03          
J075062C14          
J075082C12          
J075106B05          
J075135D03          
J075135E09          
J090039N06          
J090064A07          
J090094M16          
J090096B17          
J100021A07          
TSS from cDNA
TSS information
J065176G17                       5'->3' (-)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065176G17

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-35447220AK061336, J065012E19, J065017J03, J065090G04, J065105F05, J065106H06, J065146E18, J065196I02, J065200C15, J065215D03, AK061336, 004-012-A11, 009-078-C10, J100021A07, AK067508, J013110L21, J075106B05, J065183F13, J090096B17, J043027F23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCCTCCTCCC-3544718435447196004-012-A11, 009-078-C10, AK061336, AK067508, J013110L21, J043027F23, J065012E19, J065017J03, J065090G04, J065105F05, J065106H06, J065146E18, J065183F13, J065196I02, J065200C15, J065215D03, J075106B05, J090096B17, J100021A07
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATCCCCCA-3544734335447350004-012-A11, 009-078-C10, AK061336, AK067508, J013110L21, J043027F23, J065012E19, J065017J03, J065090G04, J065105F05, J065106H06, J065146E18, J065183F13, J065196I02, J065200C15, J065215D03, J075106B05, J090096B17, J100021A07
 OsREG482ATCCCCCA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.