PlantPromoterDB promoter information of J065196J20

Summary of Gene (J065196J20)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	9
Locus	Os09g0542200 NCBI
Gene model	J065196J20
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 9: 22191527-22190328)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J065196J20 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065196J20

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 22189452 -75

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	22189452	-75

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTCCTCC - 22189474 22189485 -97 -108

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTCCTCC`	-	22189474	22189485	-97	-108
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGATCCGATCCG - 22189528 22189540 -151 -163

OsREG541 CCGATCCGATCCG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCCTT - 22189551 22189560 -174 -183

OsREG478 AGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472 GTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGGCCCATT - 22189574 22189583 -197 -206

OsREG656 TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431   GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCAGA - 22189610 22189621 -233 -244

OsREG480 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577    TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG638     GGGCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCCCAAAT - 22189630 22189643 -253 -266

OsREG456 AGATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489   ATGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639     GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625      GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG493       GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGATCCGATCCG`		-	22189528	22189540	-151	-163
	OsREG541	`CCGATCCGATCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTGGGCCTT`		-	22189551	22189560	-174	-183
	OsREG478	`AGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAGGCCCATT`		-	22189574	22189583	-197	-206
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCAGA`		-	22189610	22189621	-233	-244
	OsREG480	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCCAAAT`		-	22189630	22189643	-253	-266
	OsREG456	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG493	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None