PlantPromoterDB promoter information of J065197A18

Summary of Gene (J065197A18)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0235600 NCBI
Gene model	J065197A18
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7703964-7705163)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J065197A18 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065197A18

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 7705838 -76

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	7705838	-76

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCT + 7705834 7705841 -80 -73

Y Patch CCTTCCCTCCTCCCTC + 7705865 7705880 -49 -34

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCT`	+	7705834	7705841	-80	-73
Y Patch	`CCTTCCCTCCTCCCTC`	+	7705865	7705880	-49	-34
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTTGGGCTTTTGGCCCATTT + 7705701 7705721 -213 -193

OsREG493 ATTTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457 TTTGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426   TTGGGCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421    TGGGCTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG419     GGGCTTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660           TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488            TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431             GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422              GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTGGGCCAT + 7705739 7705748 -175 -166

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG487   TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCCATCCA + 7705783 7705797 -131 -117

OsREG433 AATTGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489     GGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590      GGCCCATC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG608       GCCCATCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG534        CCCATCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTTGGGCTTTTGGCCCATTT`		+	7705701	7705721	-213	-193
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG457	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG419	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTGGGCCAT`		+	7705739	7705748	-175	-166
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG487	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCCATCCA`		+	7705783	7705797	-131	-117
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG608	`GCCCATCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG534	`CCCATCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None