PlantPromoterDB promoter information of J065207B12

Summary of Gene (J065207B12)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0533800 NCBI
Gene model	J065207B12
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 20507776-20506577)

`Genome position from initiation codon` 009-149-F12 013-058-H02 014-017-G07 014-028-F04 014-050-G04 014-095-F04 014-099-C08 016-046-F05 AK121139 J013104A14 J023077F13 J023145I11 J065033D14 J065079I15 J065104E21 J065128E06 J065174F07 J065195B12 J080304M24 J090040A13 J090054B18 J100037A06 J100042F24 J100043N23 J100044H14 J100056K24 J100063O22 J100071G05 J100078G15 TSS from cDNA TSS information J065207B12 5'->3' (-) Promoter sequence AK121892 J033105C15 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065207B12

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 20507340 -114

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	20507340	-114

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACTGACA - 20507397 20507404 -171 -178

OsREG510 CACTGACA PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG ATCCGACGG - 20507406 20507414 -180 -188

OsREG483 ATCCGACG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG546 TCCGACGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

REG TAGGCCCAGA - 20507544 20507553 -318 -327

OsREG656 TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629   GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCAAAC - 20507564 20507574 -338 -348

OsREG587 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593    GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCGGGCCGGG - 20507581 20507592 -355 -366

OsREG614 GGCCGGGC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616 GCCGGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG544   CCGGGCCG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538     GGGCCGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACTGACA`		-	20507397	20507404	-171	-178
	OsREG510	`CACTGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`ATCCGACGG`		-	20507406	20507414	-180	-188
	OsREG483	`ATCCGACG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG546	`TCCGACGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
REG	`TAGGCCCAGA`		-	20507544	20507553	-318	-327
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGGCCCAAAC`		-	20507564	20507574	-338	-348
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCGGGCCGGG`		-	20507581	20507592	-355	-366
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG544	`CCGGGCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTGGGCCTA + 20507544 20507553 AB062681, AK061722, AK106147, AK121892

OsREG629 TCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 CTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTTGGGCCTC + 20507564 20507574 AB062681, AK061722, AK106147, AK121892

OsREG593 GTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   TTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCGGCCCGGCC + 20507581 20507592 AB062681, AK061722, AK106147, AK121892

OsREG538 CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG544   CGGCCCGG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616    GGCCCGGC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614     GCCCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCACCAAC + 20507644 20507651 AB062681, AK061722, AK106147, AK121892

OsREG520 CCACCAAC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CGGATCGGACGG + 20507659 20507670 AB062681, AK061722, AK106147, AK121892

OsREG541 CGGATCGG     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG589   GATCGGAC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG484    ATCGGACG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545     TCGGACGG PPDB Motif PLACE Motif