version
PlantPromoterDB promoter information of J065210M08

Summary of Gene (J065210M08)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 9  
Locus Os09g0516600        NCBI 
Gene model J065210M08  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 9: 20781226-20780027)

Genome position     
from initiation codon
012-066-G06         
AK070780            
AK103563            
AY054407            
J013058P06          
J013093G04          
J013096B07          
J023007G05          
J023024N12          
J023036C22          
J023063J20          
J023068N13          
J023091A08          
J023099I01          
J023105J21          
J023126C21          
J023133G11          
J023136K23          
J023138D20          
J033022N20          
J033065N15          
J033109L23          
J053042L13          
J053048F16          
J053073C08          
J065135E24          
J075094J24          
J075106P21          
J090007P14          
TSS from cDNA
TSS information
J065210M08                       5'->3' (-)
Promoter sequence














 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J065210M08

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-20781057AY054407, AY054407, J075094J24, J075106P21, AK070780, J013058P06, J023136K23, J033109L23, J033065N15, J023007G05, J053073C08, AK103563, J013093G04, J023138D20, J033022N20, J023091A08
TSS clone peakAclone-20780978AY054407, AY054407, J075094J24, J075106P21, AK070780, J013058P06, J023136K23, J033109L23, J033065N15, J023007G05, J053073C08, AK103563, J013093G04, J023138D20, J033022N20, J023091A08

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCTC-2078097020780977AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
Y PatchTTCTCCTCC-2078097920780987AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
Y PatchCCTTCCTCTCTCCTCTCCTCTT-2078100820781029AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
Y PatchTCTCTCTCTC-2078105820781067AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACCCCCCA-2078106820781075AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
 OsREG438ACCCCCCA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGGTGGGCCCCACGGCCCG-2078111820781136AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
 OsREG476AGGTGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628 GGTGGGCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640  GTGGGCCC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647   TGGGCCCC         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641    GGGCCCCA        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631     GGCCCCAC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG572      GCCCCACG      PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG521         CCACGGCC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG504          CACGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG446           ACGGCCCG PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 
REGCCCGGGCCCACCAGCCCAG-2078114020781158AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
 OsREG539CCCGGGCC            PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG543 CCGGGCCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG566  CGGGCCCA          PPDB MotifGCCCA, ACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG640   GGGCCCAC         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628    GGCCCACC        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG599     GCCCACCA       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG523          CCAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG512           CAGCCCAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGACGGCT-2078120220781209AK070780, AK103563, AY054407, J013058P06, J013093G04, J023007G05, J023091A08, J023136K23, J023138D20, J033022N20, J033065N15, J033109L23, J053073C08, J075094J24, J075106P21
 OsREG468GGACGGCT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.