PlantPromoterDB promoter information of J075003J23

Summary of Gene (J075003J23)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0101600 NCBI
Gene model	J075003J23
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 148722-147523)

`Genome position from initiation codon` AF093636 AK070447 J065001A20 J065019M17 J065021H18 J065061A17 J065073L02 J065099F17 J065101C23 J065121E23 J065122N04 J065141N05 J065143N21 J065161H09 J065161J04 J065162P20 J065182K10 J065184M05 J065186H24 J065189G21 J065190N14 J065191H08 J065205H17 J075001E03 J075001H21 J075003K01 J075005I11 J075007F16 J075017I11 J075018O05 J075019G24 J075032D04 J075032N13 J075033C09 J075033D11 J075039A20 J075058P12 J075062E10 J075062P16 J075063C17 J075066E07 J075066I20 J075075K21 J075078F03 J075082F10 J075086G16 J075087E07 J075087K06 J075087L04 J075088B16 J075088D02 J075094H21 J075094I24 J075094K10 J075095C18 J075097B05 J075099C13 J075099H22 J075099L16 J075104K08 J075118O06 J075119E15 J075124N06 J075126G02 J075127L24 J075131E23 J075140H06 J075146I20 J075146N24 J075147I19 J075155K07 J075156C05 J075161G07 J075164G01 J075170J18 J075172G17 J075176G10 J075178C05 J075179G01 J075181E24 J080029D19 J080034L11 J080039G07 J080062M23 J080302A01 J100042I15 J100043G22 J100056L12 J100061A12 J100073O20 J100082I08 TSS from cDNA TSS information J075003J23 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075003J23

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 149187 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	149187	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCGCGCGAC - 149282 149290 -160 -168

OsREG617 GCGCGCGA PPDB Motif PLACE Motif

OsREG557 CGCGCGAC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AATGGGCTGC - 149312 149321 -190 -199

OsREG432 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 ATGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG591   TGGGCTGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGTGGGGGTGGGCCCACCT - 149336 149355 -214 -233

OsREG535 GTGTGGGG             PPDB Motif PLACE Motif

OsREG600       GGGTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640         GTGGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628        GGTGGGCCCACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG476             GCCCACCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGTGGGC - 149390 149397 -268 -275

OsREG600 GGGTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCGGCCCAGA - 149414 149424 -292 -302

OsREG644 TCCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565   CGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629    GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAGGCCCACGT - 149431 149441 -309 -319

OsREG430 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472 AGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571   GGCCCACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG449    GCCCACGT PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCGCGCGAC`		-	149282	149290	-160	-168
	OsREG617	`GCGCGCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG557	`CGCGCGAC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AATGGGCTGC`		-	149312	149321	-190	-199
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG591	`TGGGCTGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGTGGGGGTGGGCCCACCT`		-	149336	149355	-214	-233
	OsREG535	`GTGTGGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG600	`GGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG476	`GCCCACCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGTGGGC`		-	149390	149397	-268	-275
	OsREG600	`GGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCGGCCCAGA`		-	149414	149424	-292	-302
	OsREG644	`TCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAGGCCCACGT`		-	149431	149441	-309	-319
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG449	`GCCCACGT`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None