PlantPromoterDB promoter information of J075005I19

Summary of Gene (J075005I19)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0530200 NCBI
Gene model	J075005I19
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 26498157-26496958)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J075005I19 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075005I19

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 26496532 -125

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	26496532	-125

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCTT - 26496511 26496519 -104 -112

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCTT`	-	26496511	26496519	-104	-112
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTTGGGCCC - 26496573 26496582 -166 -175

OsREG592 TTTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCACAATAATGGGCCAG - 26496629 26496648 -222 -241

OsREG461 AGCCCACA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG597 GCCCACAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG610          TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431           AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488            ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577             TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCCTA - 26496665 26496675 -258 -268

OsREG422 AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431 AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656    TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTTGGGCCC`		-	26496573	26496582	-166	-175
	OsREG592	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACAATAATGGGCCAG`		-	26496629	26496648	-222	-241
	OsREG461	`AGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG597	`GCCCACAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG610	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCCTA`		-	26496665	26496675	-258	-268
	OsREG422	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None