PlantPromoterDB promoter information of J075041G24

Summary of Gene (J075041G24)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0819900 NCBI
Gene model	J075041G24
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 35261648-35262847)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J075041G24 5'->3' (+) Promoter sequence Os03g0820000 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075041G24

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 35257826 -272

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	35257826	-272

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCCCTCTC + 35257838 35257847 -260 -251

Y Patch TCTCCTCCCCTCCCCC + 35257859 35257874 -239 -224

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCCCTCTC`	+	35257838	35257847	-260	-251
Y Patch	`TCTCCTCCCCTCCCCC`	+	35257859	35257874	-239	-224
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCAGACAGCCCACAC + 35257622 35257639 -476 -459

OsREG638 GGGCCAGA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG435        ACAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG461          AGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG598           GCCCACAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACTGGGCCCT + 35257663 35257672 -435 -426

OsREG454 ACTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579 CTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG475   TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATGGGCCTGAATGGGCCGGGCC + 35257678 35257701 -420 -397

OsREG610 TAATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431 AATGGGCC  AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513    TGGGCCTG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG646     GGGCCTGA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490             ATGGGCCG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542              TGGGCCGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG538               GGGCCGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG614                GGCCGGGC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616                 GCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CGCACGCGCGCGAC + 35257717 35257730 -381 -368

OsREG555 CGCACGCG       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG617      GCGCGCGA PPDB Motif PLACE Motif

OsREG557       CGCGCGAC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCAGACAGCCCACAC`		+	35257622	35257639	-476	-459
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG435	`ACAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG461	`AGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG598	`GCCCACAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACTGGGCCCT`		+	35257663	35257672	-435	-426
	OsREG454	`ACTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG475	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAATGGGCCTGAATGGGCCGGGCC`		+	35257678	35257701	-420	-397
	OsREG610	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`AATGGGCC AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG646	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGCACGCGCGCGAC`		+	35257717	35257730	-381	-368
	OsREG555	`CGCACGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG617	`GCGCGCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG557	`CGCGCGAC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None