PlantPromoterDB promoter information of J075043J15

Summary of Gene (J075043J15)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0690300 NCBI
Gene model	J075043J15
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 30018915-30017716)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J075043J15 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075043J15

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 30017474 -459

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	30017474	-459

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCGGGCCCACGGG - 30017514 30017527 -499 -512

OsREG616 GCCGGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543 CCGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566   CGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640    GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571     GGCCCACG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG547      GCCCACGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG531       CCCACGGG PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

REG CGGGCCCACCTG - 30017549 30017560 -534 -545

OsREG566 CGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640 GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGCCCACC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG476    GCCCACCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG514     CCCACCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCAATT - 30017569 30017577 -554 -562

OsREG460 AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433 GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACAGCCCACA - 30017591 30017600 -576 -585

OsREG435 ACAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG461   AGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCGGGCCCACGGG`		-	30017514	30017527	-499	-512
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG547	`GCCCACGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG531	`CCCACGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCCACCTG`		-	30017549	30017560	-534	-545
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG476	`GCCCACCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAATT`		-	30017569	30017577	-554	-562
	OsREG460	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG433	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACAGCCCACA`		-	30017591	30017600	-576	-585
	OsREG435	`ACAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG461	`AGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None