PlantPromoterDB promoter information of J075084C08

Summary of Gene (J075084C08)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0855600 NCBI
Gene model	J075084C08
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 36924962-36926161)

`Genome position from initiation codon` 006-029-G09 006-033-E02 006-069-G07 006-083-A02 006-098-H04 009-054-C04 AK060030 AK061467 AK067858 AK106030 J013123A10 J065001I24 J065015N21 J065016H07 J065040A05 J065040F01 J065066G17 J065077I09 J065099M22 J065135B13 J065144H19 J065146I03 J065169E02 J065177D21 J065189L20 J065207H13 J065210D24 J065212I03 J075007E21 J075013H07 J075023K06 J075031D23 J075038K09 J075098K20 J090028E04 J090031E20 J090042F06 J090049L05 J090086G03 J090096J04 J100035O03 J100053H24 J100056L17 J100058K06 J100059G09 J100081C15 Os03g0855500 TSS from cDNA TSS information J075084C08 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075084C08

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 36925742 -70

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	36925742	-70

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCTCAGCT + 36925502 36925509 -310 -303

OsREG470 GCTCAGCT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAATGGGCTTT + 36925572 36925582 -240 -230

OsREG610 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTGGGCCGTA + 36925616 36925626 -196 -186

OsREG629 TCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565 CTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG645    GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCATGG + 36925630 36925640 -182 -172

OsREG653 GTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG525    GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG GGGCGAGG + 36925668 36925675 -144 -137

OsREG549 GGGCGAGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTGGTGG + 36925680 36925687 -132 -125

OsREG520 GTTGGTGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG GGTGGATGGG + 36925689 36925698 -123 -114

OsREG515 GGTGGATG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG534   TGGATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCTCAGCT`		+	36925502	36925509	-310	-303
	OsREG470	`GCTCAGCT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAATGGGCTTT`		+	36925572	36925582	-240	-230
	OsREG610	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCTGGGCCGTA`		+	36925616	36925626	-196	-186
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG645	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCATGG`		+	36925630	36925640	-182	-172
	OsREG653	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG525	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`GGGCGAGG`		+	36925668	36925675	-144	-137
	OsREG549	`GGGCGAGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTTGGTGG`		+	36925680	36925687	-132	-125
	OsREG520	`GTTGGTGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`GGTGGATGGG`		+	36925689	36925698	-123	-114
	OsREG515	`GGTGGATG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG534	`TGGATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None