PlantPromoterDB promoter information of J075099H02

Summary of Gene (J075099H02)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0670700 NCBI
Gene model	J075099H02
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 27221684-27222883)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J075099H02 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075099H02

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 27220486 -98

TSS clone peak G clone + 27220489 -95

TSS clone G clone + 27220491 -93

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	27220486	-98
TSS clone peak	`G`	clone	+	27220489	-95
TSS clone	`G`	clone	+	27220491	-93

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GGCTATAAAAG + 27220448 27220458 -136 -126

Y Patch TTCTCCTCCCCCTC + 27220513 27220526 -71 -58

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GGCTATAAAAG`	+	27220448	27220458	-136	-126
Y Patch	`TTCTCCTCCCCCTC`	+	27220513	27220526	-71	-58
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCACCA + 27220295 27220302 -289 -282

OsREG599 GCCCACCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGTGGGCCGC + 27220309 27220320 -275 -264

OsREG527 GTGGTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599 TGGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564    GTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618     TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGCCCATAA + 27220322 27220332 -262 -252

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG605    GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGCCCATGT + 27220346 27220356 -238 -228

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437    GCCCATGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTCGCGCG + 27220405 27220412 -179 -172

OsREG558 CTCGCGCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG GCCGTCCGATC + 27220417 27220427 -167 -157

OsREG562 GCCGTCCG    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545 CCGTCCGA   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG484   CGTCCGAT PPDB Motif PLACE Motif

OsREG589    GTCCGATC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGACGGCCGCGTGGG + 27220434 27220448 -150 -136

OsREG624 GGACGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG530        CGCGTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCACCA`		+	27220295	27220302	-289	-282
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGTGGGCCGC`		+	27220309	27220320	-275	-264
	OsREG527	`GTGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`TGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`GTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGCCCATAA`		+	27220322	27220332	-262	-252
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG605	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGCCCATGT`		+	27220346	27220356	-238	-228
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG437	`GCCCATGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTCGCGCG`		+	27220405	27220412	-179	-172
	OsREG558	`CTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`GCCGTCCGATC`		+	27220417	27220427	-167	-157
	OsREG562	`GCCGTCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG545	`CCGTCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG484	`CGTCCGAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG589	`GTCCGATC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGACGGCCGCGTGGG`		+	27220434	27220448	-150	-136
	OsREG624	`GGACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG530	`CGCGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None