PlantPromoterDB promoter information of J075106E06

Summary of Gene (J075106E06)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0131200 NCBI
Gene model	J075106E06
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1771093-1769894)

`Genome position from initiation codon` 015-095-G06 AK100656 AK105699 J013157D14 J023086B04 J033115L20 J033140O12 J033149J11 J065112C14 J065195L18 J075093K21 J075138E16 J075175E11 J075182A06 J075188P19 J075191O06 J090070D10 TSS from cDNA TSS information J075106E06 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075106E06

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 1769151 -208

TSS clone peak G clone - 1769004 -61

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	1769151	-208
TSS clone peak	`G`	clone	-	1769004	-61

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCGCTATAAGTA - 1769028 1769039 -85 -96

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCGCTATAAGTA`	-	1769028	1769039	-85	-96
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGCGAC - 1769082 1769089 -139 -146

OsREG583 GACGCGAC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCCACGT - 1769122 1769130 -179 -187

OsREG572 GCCCCACG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG450 CCCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif

REG CACGTCTC - 1769169 1769176 -226 -233

OsREG506 CACGTCTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif

REG CCCATCCACC - 1769198 1769207 -255 -264

OsREG534 CCCATCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG515   CATCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG TGCGGCCCATGT - 1769236 1769247 -293 -304

OsREG643 TGCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517    GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437     GCCCATGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGCGAC`		-	1769082	1769089	-139	-146
	OsREG583	`GACGCGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCCCCACGT`		-	1769122	1769130	-179	-187
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG450	`CCCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
REG	`CACGTCTC`		-	1769169	1769176	-226	-233
	OsREG506	`CACGTCTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
REG	`CCCATCCACC`		-	1769198	1769207	-255	-264
	OsREG534	`CCCATCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG515	`CATCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGCGGCCCATGT`		-	1769236	1769247	-293	-304
	OsREG643	`TGCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG437	`GCCCATGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None