PlantPromoterDB promoter information of J075110C08

Summary of Gene (J075110C08)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0433200 NCBI
Gene model	J075110C08
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 21097420-21098619)

`Genome position from initiation codon` `Os08g0433150 TSS from cDNA TSS information J075110C08 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075110C08

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 21098742 -878

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	21098742	-878

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCCCC + 21098756 21098763 -864 -857

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCCCC`	+	21098756	21098763	-864	-857
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGCCCAGC + 21098522 21098531 -1098 -1089

OsREG430 AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620   GGCCCAGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CATGGGCCTA + 21098550 21098559 -1070 -1061

OsREG517 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474 ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CATGGGCCTA + 21098578 21098587 -1042 -1033

OsREG517 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474 ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAGGCCCAAAC + 21098603 21098613 -1017 -1007

OsREG430 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593    GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATGGGCCGAAA + 21098628 21098639 -992 -981

OsREG630 TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 ATGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658   TGGGCCGA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642    GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG634     GGCCGAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TACGGCCCGGCCCAAA + 21098644 21098659 -976 -961

OsREG645 TACGGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG446 ACGGCCCG        PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG544   CGGCCCGG       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616    GGCCCGGC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614     GCCCGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538      CCCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542       CCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563        CGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625         GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGCCCAGC`		+	21098522	21098531	-1098	-1089
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CATGGGCCTA`		+	21098550	21098559	-1070	-1061
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CATGGGCCTA`		+	21098578	21098587	-1042	-1033
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAGGCCCAAAC`		+	21098603	21098613	-1017	-1007
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATGGGCCGAAA`		+	21098628	21098639	-992	-981
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG634	`GGCCGAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACGGCCCGGCCCAAA`		+	21098644	21098659	-976	-961
	OsREG645	`TACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG544	`CGGCCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None