PlantPromoterDB promoter information of J075110D17

Summary of Gene (J075110D17)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0549100 NCBI
Gene model	J075110D17
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 27648851-27647652)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J075110D17 5'->3' (-) Promoter sequence AK069066 J023007A22 J023030P18 J023056L18 J023090P11 J023104P10 J023115M06 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075110D17

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 27647317 -116

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	27647317	-116

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCCCC - 27647333 27647340 -132 -139

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCCCC`	-	27647333	27647340	-132	-139
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGGGCCCACACG - 27647440 27647451 -239 -250

OsREG475 AGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627   GGCCCACA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG598    GCCCACAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG526     CCCACACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGGGCCCACACG`		-	27647440	27647451	-239	-250
	OsREG475	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG598	`GCCCACAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG526	`CCCACACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 27648636 AK069066, J023090P11, J023056L18, J023115M06, AK069066, J023007A22, J023030P18, J023104P10

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	27648636	AK069066, J023090P11, J023056L18, J023115M06, AK069066, J023007A22, J023030P18, J023104P10

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTTCCT + 27648676 27648683 AK069066, J023007A22, J023030P18, J023056L18, J023090P11, J023104P10, J023115M06

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTTCCT`	+	27648676	27648683	AK069066, J023007A22, J023030P18, J023056L18, J023090P11, J023104P10, J023115M06
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCTGTCAGT + 27648446 27648454 AK069066, J023007A22, J023030P18, J023056L18, J023090P11, J023104P10, J023115M06

OsREG551 CCTGTCAG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

OsREG453 CTGTCAGT PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG CGCGTGCG + 27648505 27648512 AK069066, J023007A22, J023030P18, J023056L18, J023090P11, J023104P10, J023115M06

OsREG555 CGCGTGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG CGGACGGA + 27648547 27648554 AK069066, J023007A22, J023030P18, J023056L18, J023090P11, J023104P10, J023115M06

OsREG561 CGGACGGA PPDB Motif PLACE Motif