version
PlantPromoterDB promoter information of J075153D16

Summary of Gene (J075153D16)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0678600        NCBI 
Gene model J075153D16  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29677196-29678395)

Genome position     
from initiation codon
009-114-H06         
AK063019            
AK071536            
AK120629            
J013045E23          
J013153D21          
J013157A14          
J023048M04          
J065006P11          
J065042O14          
J065080D15          
J065096M02          
J065109M14          
J065204H02          
J065207L21          
J075028D22          
J075040O12          
J075051O03          
J075071M13          
J075151H15          
J075153I21          
J080311L16          
J090039J19          
J100053A20          
J100071P19          
TSS from cDNA
TSS information
J075153D16                       5'->3' (+)
Promoter sequence













 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075153D16

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+29678164-32

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTCGGCCCAGC+2967802829678038-168-158
 OsREG575CTCGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658 TCGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG565  CGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG620   GGCCCAGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakTclone+29678376AK071536

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCCTCTCTCTCTCTCCTC+2967835029678370AK071536
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGCACCGC+2967818429678191AK071536
 OsREG554CGCACCGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTCTCCGC+2967823529678242AK071536
 OsREG576CTCTCCGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCCCGCG+2967825429678261AK071536
 OsREG537CCCCCGCG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGCGGGCCCGC+2967830329678312AK071536
 OsREG619GCGGGCCCGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.