version
PlantPromoterDB promoter information of J075194D03

Summary of Gene (J075194D03)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 6  
Locus Os06g0304500        NCBI 
Gene model J075194D03  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 6: 11552122-11553321)

Genome position     
from initiation codon
AK119441            
J075143M24          
TSS from cDNA
TSS information
J075194D03                       5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J075194D03

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+11551109-663

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACACGTGTCG+1155086511550875-907-897
 OsREG509GACACGTGTC  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
 OsREG452   ACGTGTCG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
REGGCGACGCG+1155091711550924-855-848
 OsREG559GCGACGCG PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
REGGAAGCCCATTAAGGCCCACT+1155100811551027-764-745
 OsREG582GAAGCCCA             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429 AAGCCCAT            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432  AGCCCATT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610   GCCCATTA          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430          AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG472           AGGCCCAC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG478            GGCCCACT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCATGGGCCTA+1155103811551047-734-725
 OsREG517CATGGGCC   PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG474 ATGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG656  TGGGCCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCAGCCCATTA+1155105011551060-722-712
 OsREG523CCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491 CAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432  AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610   GCCCATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.