PlantPromoterDB promoter information of J080006K23

Summary of Gene (J080006K23)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0110100 NCBI
Gene model	J080006K23
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 519830-521029)

`Genome position from initiation codon` 009-015-D08 009-023-C09 009-031-B11 009-034-C02 009-050-B08 009-065-D12 009-090-G08 009-111-H07 009-136-F12 009-138-E06 009-138-G12 009-141-D08 009-143-D01 009-179-D09 009-179-E03 009-196-A09 009-199-F04 013-021-E05 013-076-C04 013-096-F06 014-071-A05 014-077-F09 AK099779 AK121142 J013095A16 J013111A17 J013132G04 J023077M04 J065001B11 J065001E11 J065057G10 J065057L08 J065080E07 J065087K10 J065091M15 J065167A15 J075018F02 J075063F20 J075064F18 J075066N19 J075073I02 J075080P17 J075081F11 J075085E03 J075101G18 J075149N08 J075158I21 J075161M20 J075190F12 J075194K16 J080001E08 J080001F21 J080001H19 J080001O15 J080005I22 J080014D20 J080014I05 J080014K21 J080017I24 J080017K11 J080018F11 J080022L18 J080024N23 J080027J23 J080029B14 J080032F14 J080032K19 J080032O21 J080033P17 J080034I06 J080039F24 J080040O13 J080042B02 J080043E12 J080043J15 J080043N09 J080052J08 J080053K01 J080053K19 J080055J09 J080058D07 J080062F11 J080063J24 J080066H04 J080066I09 J080067B02 J080067N09 J080068D22 J080068K13 J080069N19 J080070D07 J080070E05 J080071G04 J080077G05 J080077O06 J080085F05 J080086E07 J080089G16 J080092K15 J080094A08 J080097A09 J080097J07 J090027N01 J090081J05 TSS from cDNA TSS information J080006K23 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080006K23

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 520220 -60

TSS clone peak G clone + 520247 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	520220	-60
TSS clone peak	`G`	clone	+	520247	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGCGTG + 519967 519974 -313 -306

OsREG502 GTGGCGTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGGTGGGCTTGG + 520021 520032 -259 -248

OsREG476 AGGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG462 GGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427   GTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG496    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG519     GGGCTTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGCGGCCCATAT + 520040 520051 -240 -229

OsREG643 TGCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG480     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCAA + 520059 520069 -221 -211

OsREG433 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTCAGTG + 520094 520101 -186 -179

OsREG510 TGTCAGTG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GTGGGACCCG + 520119 520128 -161 -152

OsREG650 GTGGGACC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648 TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG569   GGGACCCG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGCGTG`		+	519967	519974	-313	-306
	OsREG502	`GTGGCGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGGTGGGCTTGG`		+	520021	520032	-259	-248
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG462	`GGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG496	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG519	`GGGCTTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGCGGCCCATAT`		+	520040	520051	-240	-229
	OsREG643	`TGCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG480	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCAA`		+	520059	520069	-221	-211
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGTCAGTG`		+	520094	520101	-186	-179
	OsREG510	`TGTCAGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GTGGGACCCG`		+	520119	520128	-161	-152
	OsREG650	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG569	`GGGACCCG`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None