version
PlantPromoterDB promoter information of J080013K20

Summary of Gene (J080013K20)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0131200        NCBI 
Gene model J080013K20  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1775793-1774594)

Genome position     
from initiation codon
015-095-G06         
AK100656            
J013157D14          
J023086B04          
J033115L20          
J033140O12          
J033149J11          
J065112C14          
J065195L18          
J090070D10          
TSS from cDNA
TSS information
J080013K20                       5'->3' (-)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080013K20

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-1769151-208
TSS clone peakGclone-1769004-61

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCGCTATAAGTA-17690281769039-85-96
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACGCGAC-17690821769089-139-146
 OsREG583GACGCGAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGCCCCACGT-17691221769130-179-187
 OsREG572GCCCCACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG450 CCCCACGT PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
REGCACGTCTC-17691691769176-226-233
 OsREG506CACGTCTC PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
REGCCCATCCACC-17691981769207-255-264
 OsREG534CCCATCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG515  CATCCACC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGCGGCCCATGT-17692361769247-293-304
 OsREG643TGCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG618 GCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517   GGCCCATG  PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG437    GCCCATGT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-1774717AK100656, AK100656, J090070D10, J033140O12, J065112C14, 015-095-G06

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCCTCCCTC-17747201774731015-095-G06, AK100656, J033140O12, J065112C14, J090070D10
Y PatchCCTCCTCTTCCCCCCCTCCT-17747341774753015-095-G06, AK100656, J033140O12, J065112C14, J090070D10
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCTCTCCGC-17747711774778015-095-G06, AK100656, J033140O12, J065112C14, J090070D10
 OsREG576CTCTCCGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGTGGGCCCCCAC-17748361774849015-095-G06, AK100656, J033140O12, J065112C14, J090070D10
 OsREG547CCGTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG571 CGTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640  GTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647   TGGGCCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG613      GCCCCCAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGTCCACGTGGGGGCCCACCC-17748791774899015-095-G06, AK100656, J033140O12, J065112C14, J090070D10
 OsREG570GGTCCACG              PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG508    CACGTGGG          PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
 OsREG450     ACGTGGGG         PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
 OsREG536      CGTGGGGG        PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG613       GTGGGGGC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG647          GGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640           GGGCCCAC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628            GGCCCACC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG600             GCCCACCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.