PlantPromoterDB promoter information of J080017K11

Summary of Gene (J080017K11)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0110100 NCBI
Gene model	J080017K11
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 519030-520229)

`Genome position from initiation codon` 009-031-B11 009-034-C02 009-138-G12 009-196-A09 009-199-F04 013-021-E05 013-076-C04 AK121142 J023077M04 J065001B11 J065001E11 J075064F18 J075066N19 J075073I02 J075080P17 J075081F11 J075085E03 J075101G18 J075149N08 J075158I21 J075190F12 J075194K16 J080001E08 J080001F21 J080006K23 J080014D20 J080014I05 J080017I24 J080018F11 J080024N23 J080032F14 J080032K19 J080042B02 J080043J15 J080043N09 J080052J08 J080055J09 J080063J24 J080067N09 J080070E05 J080071G04 J080089G16 J080097J07 TSS from cDNA TSS information J080017K11 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080017K11

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 520220 -60

TSS clone peak G clone + 520247 -33

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	520220	-60
TSS clone peak	`G`	clone	+	520247	-33

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGCGTG + 519967 519974 -313 -306

OsREG502 GTGGCGTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGGTGGGCTTGG + 520021 520032 -259 -248

OsREG476 AGGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG462 GGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427   GTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG496    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG519     GGGCTTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGCGGCCCATAT + 520040 520051 -240 -229

OsREG643 TGCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG480     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCAA + 520059 520069 -221 -211

OsREG433 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTCAGTG + 520094 520101 -186 -179

OsREG510 TGTCAGTG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GTGGGACCCG + 520119 520128 -161 -152

OsREG650 GTGGGACC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648 TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG569   GGGACCCG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGCGTG`		+	519967	519974	-313	-306
	OsREG502	`GTGGCGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGGTGGGCTTGG`		+	520021	520032	-259	-248
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG462	`GGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG496	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG519	`GGGCTTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGCGGCCCATAT`		+	520040	520051	-240	-229
	OsREG643	`TGCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG480	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCAA`		+	520059	520069	-221	-211
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGTCAGTG`		+	520094	520101	-186	-179
	OsREG510	`TGTCAGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GTGGGACCCG`		+	520119	520128	-161	-152
	OsREG650	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG569	`GGGACCCG`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None