PlantPromoterDB promoter information of J080020F03

Summary of Gene (J080020F03)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0119300 NCBI
Gene model	J080020F03
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 981817-980618)

`Genome position from initiation codon` 004-011-B09 006-077-E12 006-079-E12 006-100-B11 009-109-A12 009-123-C07 009-163-D09 009-173-C01 009-192-E01 011-048-G01 AK060883 AK068289 AK071554 AK099495 J013037L16 J013088P04 J013099D14 J013146E19 J013147E18 J023104E19 J023132D16 J023143E13 J033028F15 J033133D24 J053091M07 J075029L15 J075097M12 J075103J11 J075138J10 J075172K18 J080001C15 J080002M13 J080009K01 J080010N01 J080011D23 J080013C13 J080013M16 J080018J02 J080020G05 J080021D05 J080030A19 J080031A16 J080033J23 J080035H07 J080039M24 J080042B16 J080043B03 J080045G01 J080045K17 J080047A09 J080047I22 J080048M14 J080049J02 J080052C15 J080052E11 J080052M22 J080056O21 J080059J04 J080059O17 J080064N04 J080066A03 J080066I22 J080069C13 J080069J03 J080069N04 J080071A01 J080071C03 J080071J02 J080080D17 J080084O06 J080085O20 J080086H15 J080094K06 J080095C05 J080095G04 J080096F03 J080096F20 J090012P10 J090021B09 J090034M08 J090046G21 J090055K24 J090055L05 J090057H17 J090082K21 J100022A07 J100022M02 J100069K11 J100086C24 TSS from cDNA TSS information J080020F03 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080020F03

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 980800 -783

TSS clone peak G clone - 980799 -782

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	980800	-783
TSS clone peak	`G`	clone	-	980799	-782

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATATAG - 980826 980836 -809 -819

Y Patch TCTTCCTCCTC - 980750 980760 -733 -743

Y Patch TCCTTCCTCCC - 980773 980783 -756 -766

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATATAG`	-	980826	980836	-809	-819
Y Patch	`TCTTCCTCCTC`	-	980750	980760	-733	-743
Y Patch	`TCCTTCCTCCC`	-	980773	980783	-756	-766
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGTGGC - 980840 980847 -823 -830

OsREG585 GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG AGTGACAC - 980854 980861 -837 -844

OsREG477 AGTGACAC PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GCTGGGCCCCACGCG - 980864 980878 -847 -861

OsREG620 GCTGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579 CTGGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647   TGGGCCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572      GCCCCACG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG530        CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTCCCACC - 980885 980892 -868 -875

OsREG651 GTCCCACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CTCGCGCGTCTCCATGGGCCCCACATGTCAGTG - 980926 980958 -909 -941

OsREG558 CTCGCGCG                          PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

OsREG560     CGCGTCTC                      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG525            CCATGGGC               PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG517             CATGGGCC              PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG489              ATGGGCCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647               TGGGCCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641                GGGCCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631                 GGCCCCAC          PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611                  GCCCCACA         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG510                          TGTCAGTG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GGCCCCACC - 981048 981056 -1031 -1039

OsREG631 GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612 GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGTGGC`		-	980840	980847	-823	-830
	OsREG585	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`AGTGACAC`		-	980854	980861	-837	-844
	OsREG477	`AGTGACAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GCTGGGCCCCACGCG`		-	980864	980878	-847	-861
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTCCCACC`		-	980885	980892	-868	-875
	OsREG651	`GTCCCACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CTCGCGCGTCTCCATGGGCCCCACATGTCAGTG`		-	980926	980958	-909	-941
	OsREG558	`CTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	OsREG560	`CGCGTCTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG525	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG489	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`GCCCCACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG510	`TGTCAGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GGCCCCACC`		-	981048	981056	-1031	-1039
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None