PlantPromoterDB promoter information of J080020F03

Summary of Gene (J080020F03)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0119300 NCBI
Gene model	J080020F03
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 983317-982118)

`Genome position from initiation codon` `Os05g0119400 TSS from cDNA TSS information J080020F03 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080020F03

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 980800 -783

TSS clone peak G clone - 980799 -782

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	980800	-783
TSS clone peak	`G`	clone	-	980799	-782

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATATAG - 980826 980836 -809 -819

Y Patch TCTTCCTCCTC - 980750 980760 -733 -743

Y Patch TCCTTCCTCCC - 980773 980783 -756 -766

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATATAG`	-	980826	980836	-809	-819
Y Patch	`TCTTCCTCCTC`	-	980750	980760	-733	-743
Y Patch	`TCCTTCCTCCC`	-	980773	980783	-756	-766
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGTGGC - 980840 980847 -823 -830

OsREG585 GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG AGTGACAC - 980854 980861 -837 -844

OsREG477 AGTGACAC PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GCTGGGCCCCACGCG - 980864 980878 -847 -861

OsREG620 GCTGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579 CTGGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647   TGGGCCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572      GCCCCACG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG530        CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTCCCACC - 980885 980892 -868 -875

OsREG651 GTCCCACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CTCGCGCGTCTCCATGGGCCCCACATGTCAGTG - 980926 980958 -909 -941

OsREG558 CTCGCGCG                          PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

OsREG560     CGCGTCTC                      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG525            CCATGGGC               PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG517             CATGGGCC              PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG489              ATGGGCCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647               TGGGCCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641                GGGCCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631                 GGCCCCAC          PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611                  GCCCCACA         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG510                          TGTCAGTG PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GGCCCCACC - 981048 981056 -1031 -1039

OsREG631 GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612 GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGTGGC`		-	980840	980847	-823	-830
	OsREG585	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`AGTGACAC`		-	980854	980861	-837	-844
	OsREG477	`AGTGACAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GCTGGGCCCCACGCG`		-	980864	980878	-847	-861
	OsREG620	`GCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTCCCACC`		-	980885	980892	-868	-875
	OsREG651	`GTCCCACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CTCGCGCGTCTCCATGGGCCCCACATGTCAGTG`		-	980926	980958	-909	-941
	OsREG558	`CTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	OsREG560	`CGCGTCTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG525	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG489	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`GCCCCACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG510	`TGTCAGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GGCCCCACC`		-	981048	981056	-1031	-1039
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None