version
PlantPromoterDB promoter information of J080028I01

Summary of Gene (J080028I01)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 8  
Locus Os08g0557100        NCBI 
Gene model J080028I01  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 8: 27970453-27969254)

Genome position     
from initiation codon
006-024-B02         
006-028-C12         
006-085-F10         
006-086-C06         
006-095-A03         
006-105-C11         
009-147-H09         
013-006-B10         
013-067-A01         
013-074-D10         
AK070743            
AK101214            
AK105901            
J023062K14          
J023086O12          
J033031B04          
J065120O03          
J065176H21          
J065179K22          
J075046G17          
J075090I22          
J075118K04          
J080004F08          
J080004H12          
J080005H08          
J080005I02          
J080008N16          
J080009H23          
J080011K24          
J080012H17          
J080012J21          
J080013I20          
J080016E07          
J080018O04          
J080020B18          
J080021F16          
J080021I16          
J080022N01          
J080023G08          
J080023N09          
J080024J24          
J080025M12          
J080028A22          
J080029D22          
J080030M02          
J080031B06          
J080035G08          
J080036F19          
J080038P14          
J080039C17          
J080039H23          
J080043A10          
J080044H02          
J080044P12          
J080047L06          
J080050L06          
J080052J11          
J080052M10          
J080053E20          
J080054J01          
J080059N09          
J080063A19          
J080064A18          
J080064F19          
J080064N22          
J080065K14          
J080065M12          
J080067D21          
J080068O07          
J080074D21          
J080076P20          
J080086I24          
J080087D08          
J080087H16          
J080090N23          
J080091H04          
J080091P13          
J080094O15          
J080094P14          
J080095I07          
J080097E22          
J080097M19          
TSS from cDNA
TSS information
J080028I01                       5'->3' (-)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080028I01

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-27970189-736
TSS clone peakAclone-27970182-729

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCTCCTCC-2797013327970141-680-688
Y PatchCCCCCCCCTC-2797014327970152-690-699
Y PatchCCCCTCCT-2797015627970163-703-710
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGCCCACCC-2797023427970242-781-789
 OsREG462AGCCCACC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG600 GCCCACCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAATTGGGCCCAGTA-2797024627970259-793-806
 OsREG433AATTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG492 ATTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG639  TTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG579    GGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454     GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG604      GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAGGCCCAAAA-2797026227970272-809-819
 OsREG430AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625  GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG592   GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAATGGGCCGGA-2797029127970302-838-849
 OsREG422AAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431 AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490  ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542   TGGGCCGG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG644    GGGCCGGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCATCCA-2797033927970346-886-893
 OsREG534CCCATCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.