version
PlantPromoterDB promoter information of J080030L05

Summary of Gene (J080030L05)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 7  
Locus Os07g0180900        NCBI 
Gene model J080030L05  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 7: 4295262-4296461)

Genome position     
from initiation codon
006-055-B11         
006-103-F09         
011-009-E03         
011-025-A02         
011-035-H08         
014-043-F08         
AK060711            
AK060963            
AK104447            
AK104504            
AK104629            
J023003P15          
J023075H14          
J033101N17          
J033132M11          
J065081C24          
J080004L10          
J080009H21          
J080013F01          
J080022K24          
J080023C22          
J080024M16          
J080026K06          
J080030J23          
J080031G03          
J080033C03          
J080033D02          
J080035A11          
J080035A14          
J080039E08          
J080040L15          
J080040M03          
J080041L21          
J080043E09          
J080048B14          
J080048O09          
J080051H01          
J080052H06          
J080065K05          
J080066D10          
J080066E23          
J080069F10          
J080074M06          
J080075D13          
J080076G02          
J080082G15          
J080082K06          
J080082P12          
J080085F01          
J080090H22          
J080092D07          
J080094M03          
J080094O10          
J090008I06          
J100058N20          
J100060M07          
J100062M08          
J100064L07          
J100073H16          
J100074C10          
J100075N06          
J100087P11          
J100088B13          
J100088J16          
J100088L17          
J100088O12          
TSS from cDNA
TSS information
J080030L05                       5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080030L05

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+4295324-938
TSS clone peakAclone+4295325-937

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCACCTATATAAC+42952894295300-973-962
Y PatchCCTCTCTCCC+42953004295309-962-953
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATATGGGCCAA+42951064295116-1156-1146
 OsREG480ATATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630 TATGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488  ATGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG660   TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAACTGGGC+42951404295147-1122-1115
 OsREG425AACTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGACGGCCCATCT+42951624295173-1100-1089
 OsREG584GACGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445 ACGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG490  CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG590   GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG456    GCCCATCT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCAAGGCCCAGCCCA+42951844295197-1078-1065
 OsREG497CAAGGCCC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430 AAGGCCCA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473  AGGCCCAG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG620   GGCCCAGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG603    GCCCAGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG533     CCCAGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG523      CCAGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCCACGCC+42952144295221-1048-1041
 OsREG636TCCACGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGTCCAGA+42952394295246-1023-1016
 OsREG649GGTCCAGA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.