PlantPromoterDB promoter information of J080041L21

Summary of Gene (J080041L21)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0180900 NCBI
Gene model	J080041L21
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 4294312-4295511)

`Genome position from initiation codon` 006-055-B11 006-103-F09 011-009-E03 011-035-H08 014-043-F08 AK060711 AK060963 AK104447 AK104504 AK104629 J023003P15 J023075H14 J033101N17 J033132M11 J065081C24 J090008I06 J100058N20 J100060M07 J100062M08 J100064L07 J100073H16 J100074C10 J100075N06 J100087P11 J100088B13 J100088J16 J100088L17 TSS from cDNA TSS information J080041L21 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080041L21

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 4295324 -938

TSS clone peak A clone + 4295325 -937

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	4295324	-938
TSS clone peak	`A`	clone	+	4295325	-937

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACCTATATAAC + 4295289 4295300 -973 -962

Y Patch CCTCTCTCCC + 4295300 4295309 -962 -953

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACCTATATAAC`	+	4295289	4295300	-973	-962
Y Patch	`CCTCTCTCCC`	+	4295300	4295309	-962	-953
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATATGGGCCAA + 4295106 4295116 -1156 -1146

OsREG480 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630 TATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACTGGGC + 4295140 4295147 -1122 -1115

OsREG425 AACTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GACGGCCCATCT + 4295162 4295173 -1100 -1089

OsREG584 GACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590    GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456     GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGGCCCAGCCCA + 4295184 4295197 -1078 -1065

OsREG497 CAAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430 AAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473   AGGCCCAG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620    GGCCCAGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG603     GCCCAGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG533      CCCAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523       CCAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCACGCC + 4295214 4295221 -1048 -1041

OsREG636 TCCACGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGTCCAGA + 4295239 4295246 -1023 -1016

OsREG649 GGTCCAGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATATGGGCCAA`		+	4295106	4295116	-1156	-1146
	OsREG480	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACTGGGC`		+	4295140	4295147	-1122	-1115
	OsREG425	`AACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GACGGCCCATCT`		+	4295162	4295173	-1100	-1089
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG456	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGGCCCAGCCCA`		+	4295184	4295197	-1078	-1065
	OsREG497	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG603	`GCCCAGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCACGCC`		+	4295214	4295221	-1048	-1041
	OsREG636	`TCCACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGTCCAGA`		+	4295239	4295246	-1023	-1016
	OsREG649	`GGTCCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None