PlantPromoterDB promoter information of J080044C19

Summary of Gene (J080044C19)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0807200 NCBI
Gene model	J080044C19
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 34592115-34590916)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J080044C19 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080044C19

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 34590192 -827

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	34590192	-827

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC - 34590150 34590157 -785 -792

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	-	34590150	34590157	-785	-792
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTTGGGCCGGGCCGTC - 34590247 34590263 -882 -898

OsREG593 GTTTGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG538     GGGCCGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG614      GGCCGGGC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616       GCCGGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG544        CCGGGCCG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG446         CGGGCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG584          GGGCCGTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGCCGTG - 34590268 34590276 -903 -911

OsREG446 CGGGCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG504 GGGCCGTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCCGGGCCGGC - 34590295 34590307 -930 -942

OsREG538 GGGCCGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG614 GGCCGGGC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG616   GCCGGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG544    CCGGGCCG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG615      GGGCCGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGGC - 34590312 34590319 -947 -954

OsREG616 GGCCCGGC PPDB Motif PLACE Motif

REG GAAGCCCAAG - 34590323 34590332 -958 -967

OsREG582 GAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426 AAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG459   AGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCGGCCCAGC - 34590344 34590354 -979 -989

OsREG538 CCCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565   CGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620    GGCCCAGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTTGGGCCGGGCCGTC`		-	34590247	34590263	-882	-898
	OsREG593	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG544	`CCGGGCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG446	`CGGGCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG584	`GGGCCGTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCGTG`		-	34590268	34590276	-903	-911
	OsREG446	`CGGGCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG504	`GGGCCGTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGCCGGGCCGGC`		-	34590295	34590307	-930	-942
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG544	`CCGGGCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG615	`GGGCCGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCCGGC`		-	34590312	34590319	-947	-954
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GAAGCCCAAG`		-	34590323	34590332	-958	-967
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG459	`AGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCGGCCCAGC`		-	34590344	34590354	-979	-989
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None