PlantPromoterDB promoter information of J080064C23

Summary of Gene (J080064C23)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0768600 NCBI
Gene model	J080064C23
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 33260114-33261313)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J080064C23 5'->3' (+) Promoter sequence J075027M08 J075061E06 J075160M13 J090011G22 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080064C23

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 33261776 -88

TSS clone peak A clone + 33261781 -83

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	33261776	-88
TSS clone peak	`A`	clone	+	33261781	-83

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGGTGGGCCGGA + 33261580 33261591 -284 -273

OsREG476 AGGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564   GTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644     GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCGGGCC + 33261607 33261614 -257 -250

OsREG633 TCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCTGGCCCGGCCCAAAC + 33261642 33261658 -222 -206

OsREG638 TCTGGCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG616    GGCCCGGC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614     GCCCGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538      CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542       CCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563        CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625         GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593          GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGTGGGCCCACCTG + 33261708 33261722 -156 -142

OsREG600 GGGTGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCCCACC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG476       GCCCACCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG514        CCCACCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGGTGGGCCGGA`		+	33261580	33261591	-284	-273
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`GTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCGGGCC`		+	33261607	33261614	-257	-250
	OsREG633	`TCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCTGGCCCGGCCCAAAC`		+	33261642	33261658	-222	-206
	OsREG638	`TCTGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGTGGGCCCACCTG`		+	33261708	33261722	-156	-142
	OsREG600	`GGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG476	`GCCCACCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None