version
PlantPromoterDB promoter information of J080067J04

Summary of Gene (J080067J04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0799000        NCBI 
Gene model J080067J04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 34154737-34155936)

Genome position     
from initiation codon
013-010-A07         
013-081-H02         
AK067840            
AK099211            
J065066F23          
J065138O20          
J065163G22          
J065211J01          
J080027D02          
J080029E20          
J080045D03          
J080060G13          
J080067E14          
J080067J21          
J080068L09          
J080077E15          
J080078B03          
J080086H09          
J090095G02          
J100058H04          
TSS from cDNA
TSS information
J080067J04                       5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080067J04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+34155192-545

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCACTATATAAC+3415515334155164-584-573
Y PatchCTCTCTCTCTCTCT+3415522734155240-510-497
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGGATGGG+3415494434154951-793-786
 OsREG534TGGATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCGGGC+3415496134154968-776-769
 OsREG614GGCCGGGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGACCGTTGGATGGG+3415502534155038-712-699
 OsREG495GACCGTTG       PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG548  CCGTTGGA     PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG481   CGTTGGAT    PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG534      TGGATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGATCGG+3415504134155048-696-689
 OsREG541CGGATCGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGTGGGGCGCGTGGG+3415506434155078-673-659
 OsREG611TGTGGGGC        PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG530       CGCGTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCGTTTCGGCC+3415509634155108-641-629
 OsREG420GGCCGTTT      PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 OsREG634     TTTCGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.