PlantPromoterDB promoter information of J080096I21

Summary of Gene (J080096I21)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0158300 NCBI
Gene model	J080096I21
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 3158383-3157184)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J080096I21 5'->3' (-) Promoter sequence Os07g0158400 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080096I21

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 3156742 -809

TSS clone peak C clone - 3156741 -808

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	3156742	-809
TSS clone peak	`C`	clone	-	3156741	-808

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCCTCCTCC - 3156712 3156723 -779 -790

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCCTCCTCC`	-	3156712	3156723	-779	-790
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACGGCCCATTA - 3156796 3156807 -863 -874

OsREG645 TACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG610     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGGGAC - 3156827 3156834 -894 -901

OsREG652 TGAGGGAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TAGGCCCAATT - 3156906 3156916 -973 -983

OsREG656 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCCCTAATGGGCTCCAGGCCCAACC - 3156922 3156951 -989 -1018

OsREG581 CTTGGGCC                       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639 TTGGGCCC                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG475   TGGGCCCT                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG610          TAATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432           AATGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG524                   CCAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513                    CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471                     AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626                      GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG595                       GCCCAACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACGGCCCATTA`		-	3156796	3156807	-863	-874
	OsREG645	`TACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG610	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGAGGGAC`		-	3156827	3156834	-894	-901
	OsREG652	`TGAGGGAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TAGGCCCAATT`		-	3156906	3156916	-973	-983
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG433	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTTGGGCCCTAATGGGCTCCAGGCCCAACC`		-	3156922	3156951	-989	-1018
	OsREG581	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG475	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG610	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG524	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG595	`GCCCAACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None