PlantPromoterDB promoter information of J080096M04

Summary of Gene (J080096M04)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0510100 NCBI
Gene model	J080096M04
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19014280-19013081)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J080096M04 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080096M04

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 19014641 -111

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	19014641	-111

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACAGGTGGG - 19014725 19014734 -195 -204

OsREG501 GACAGGTG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG436 ACAGGTGG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514   CAGGTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCTGGGCCCGC - 19014758 19014769 -228 -239

OsREG486 ATCTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629 TCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579   CTGGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566    TGGGCCCG PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG619     GGGCCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCACGTC - 19014777 19014784 -247 -254

OsREG585 GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG CGTGTGGGGCCACGTCACAGTGGGCCCCA - 19014812 19014840 -282 -310

OsREG526 CGTGTGGG                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG535 GTGTGGGG                     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611   TGTGGGGC                    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631    GTGGGGCC                   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG585         GCCACGTC              PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG505           CACGTCAC            PPDB Motif ACGT PLACE Motif TGAC

OsREG478                   AGTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640                    GTGGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647                     TGGGCCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641                      GGGCCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGTGGGG - 19014903 19014910 -373 -380

OsREG535 GTGTGGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTTGGGC - 19014933 19014940 -403 -410

OsREG593 GTTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACAGGTGGG`		-	19014725	19014734	-195	-204
	OsREG501	`GACAGGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG436	`ACAGGTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CAGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCTGGGCCCGC`		-	19014758	19014769	-228	-239
	OsREG486	`ATCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`TGGGCCCG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG619	`GGGCCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCACGTC`		-	19014777	19014784	-247	-254
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`CGTGTGGGGCCACGTCACAGTGGGCCCCA`		-	19014812	19014840	-282	-310
	OsREG526	`CGTGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG535	`GTGTGGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`TGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG505	`CACGTCAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`TGAC`
	OsREG478	`AGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGTGGGG`		-	19014903	19014910	-373	-380
	OsREG535	`GTGTGGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTTTGGGC`		-	19014933	19014940	-403	-410
	OsREG593	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None