version
PlantPromoterDB promoter information of J080316C12

Summary of Gene (J080316C12)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0626300        NCBI 
Gene model J080316C12  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26661109-26659910)

Genome position     
from initiation codon
016-070-G04         
AK122071            
J023108I04          
J033117J08          
J065007O12          
J065020K12          
J065142D24          
J065157K19          
J080307H19          
J080311D16          
J080316E03          
J100033K16          
J100042J21          
J100051E06          
J100071E22          
TSS from cDNA
TSS information
J080316C12                       5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AK061897            
J013050G23          
J013060F03          
J013105M18          
J013108D15          
J013118M09          
J023009J17          
J023078I22          
J023103F15          
J023105B22          
J033024C18          
J033041E20          
J033068L19          
J033076E16          
J033084J03          
J033090A13          
J033106C19          
J033111H05          
J033116N13          
J033127C24          
J033129M02          
J033145J02          
J043005F08          
J043007L22          
J043031E03          
J043035J19          
J053027K20          
J065020N02          
J065058I24          
J065078A06          
J065085E09          
J065093L04          
J065099H07          
J065102D09          
J065136J19          
J065182P21          
J065200F03          
J090004E22          
J090013K22          
J090019A03          
J090057B09          
J090066F19          
J090071M22          
J090075E16          
J090086D23          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080316C12

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-26661547-88

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGAGGCCCAC-2666158726661595-128-136
 OsREG587GAGGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG472 AGGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTTTGGGCCCATCA-2666162126661634-162-175
 OsREG592TTTTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625 TTTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG639  TTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489    GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG590     GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607      GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCAGCCCAATA-2666164626661656-187-197
 OsREG591GCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511 CAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG460  AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG596   GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCAGCCCAAAC-2666166826661678-209-219
 OsREG523CCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511 CAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG457  AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG593   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAATTGGGCTGT-2666168826661698-229-239
 OsREG433AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG460 ATTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511  TTGGGCTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG435   TGGGCTGT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATATGGGCTGG-2666180126661811-342-352
 OsREG480ATATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG465 TATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491  ATGGGCTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG523   TGGGCTGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.