PlantPromoterDB promoter information of J080317L23

Summary of Gene (J080317L23)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0121000 NCBI
Gene model	J080317L23
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 1091517-1092716)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J080317L23 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J080317L23

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 1093820 -647

TSS clone peak T clone + 1093910 -557

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	1093820	-647
TSS clone peak	`T`	clone	+	1093910	-557

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCGTATAAATC + 1093786 1093796 -681 -671

Y Patch CCCCTCCTCCTCCT + 1093911 1093924 -556 -543

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCGTATAAATC`	+	1093786	1093796	-681	-671
Y Patch	`CCCCTCCTCCTCCT`	+	1093911	1093924	-556	-543
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGTGGGCCTT + 1093703 1093713 -764 -754

OsREG597 TTGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627 TGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGCCCAC + 1093715 1093723 -752 -744

OsREG496 CAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427 AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGGCCCAGG + 1093734 1093743 -733 -724

OsREG656 TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG550   GGCCCAGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTTGGGCCCACTAGGCCCAACC + 1093753 1093775 -714 -692

OsREG593 GTTTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640     GGGCCCAC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478      GGCCCACT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656             TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471              AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626               GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG595                GCCCAACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGAGAG + 1093859 1093866 -608 -601

OsREG576 GCGGAGAG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGTGGGCCTT`		+	1093703	1093713	-764	-754
	OsREG597	`TTGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGCCCAC`		+	1093715	1093723	-752	-744
	OsREG496	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAGGCCCAGG`		+	1093734	1093743	-733	-724
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG550	`GGCCCAGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTTTGGGCCCACTAGGCCCAACC`		+	1093753	1093775	-714	-692
	OsREG593	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`GGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG595	`GCCCAACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGAGAG`		+	1093859	1093866	-608	-601
	OsREG576	`GCGGAGAG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None