PlantPromoterDB promoter information of J090025H24

Summary of Gene (J090025H24)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0686800 NCBI
Gene model	J090025H24
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30085143-30086342)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J090025H24 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090025H24

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 30086646 -97

TSS clone peak G clone + 30086651 -92

TSS clone C clone + 30086674 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	30086646	-97
TSS clone peak	`G`	clone	+	30086651	-92
TSS clone	`C`	clone	+	30086674	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GGTATAAAAG + 30086615 30086624 -128 -119

Y Patch TCTCTCCCC + 30086660 30086668 -83 -75

Y Patch TCCTCCCC + 30086688 30086695 -55 -48

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GGTATAAAAG`	+	30086615	30086624	-128	-119
Y Patch	`TCTCTCCCC`	+	30086660	30086668	-83	-75
Y Patch	`TCCTCCCC`	+	30086688	30086695	-55	-48
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGGCCCATAC + 30086417 30086427 -326 -316

OsREG656 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG606    GCCCATAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATGGGCTGC + 30086447 30086456 -296 -287

OsREG432 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 ATGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG591   TGGGCTGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGATGGGCTTA + 30086475 30086485 -268 -258

OsREG608 GGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466 GATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG655    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCAGCCCATTT + 30086491 30086501 -252 -242

OsREG591 GCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 CAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGACGGCCCAAAT + 30086506 30086518 -237 -225

OsREG624 GGACGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG584 GACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG563    CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG493      GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGGCCCATAC`		+	30086417	30086427	-326	-316
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG606	`GCCCATAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATGGGCTGC`		+	30086447	30086456	-296	-287
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG591	`TGGGCTGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGATGGGCTTA`		+	30086475	30086485	-268	-258
	OsREG608	`GGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG466	`GATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG655	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCAGCCCATTT`		+	30086491	30086501	-252	-242
	OsREG591	`GCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`CAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGACGGCCCAAAT`		+	30086506	30086518	-237	-225
	OsREG624	`GGACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG493	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None