version
PlantPromoterDB promoter information of J090030J04

Summary of Gene (J090030J04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0103200        NCBI 
Gene model J090030J04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 162386-163585)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
J090030J04                       5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AK103317            
J033125H15          
J065021L01          
J065029M01          
J065089F17          
J065112N04          
J065163L03          
J065175B04          
J065192E02          
J075046C20          
J075192A01          
J100018H13          
J100067K20          
J100080N03          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090030J04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+163696-90
TSS clone peakGclone+163708-78
TSS cloneAclone+163750-36
TSS cloneGclone+163759-27

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGTGTG+163644163651-142-135
 OsREG499GGTGTGTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-162782AK103317, J065175B04, AK103317, J033125H15, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100080N03, J065029M01, J100067K20, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065192E02, J065021L01

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGATGGGCTTG-162825162835AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG608GGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG466 GATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG496   TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGGCCCATGT-162844162854AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG647GGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489 GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517  GGCCCATG  PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG437   GCCCATGT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAATGGGCTGATGGGC-162867162882AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG422AAATGGGC         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432 AATGGGCT        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491  ATGGGCTG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG657   TGGGCTGA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607        TGATGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGCCGCA-162902162909AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG643GGGCCGCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.