version
PlantPromoterDB promoter information of J090030J04

Summary of Gene (J090030J04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0103200        NCBI 
Gene model J090030J04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 166836-168035)

Genome position     
from initiation codon
009-149-B02         
AK062996            
AK071540            
J065041E04          
J065053J17          
J065092B22          
J065102J24          
J065113A08          
J065149D07          
J065169B02          
J075150C06          
TSS from cDNA
TSS information
J090030J04                       5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090030J04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+163696-90
TSS clone peakGclone+163708-78
TSS cloneAclone+163750-36
TSS cloneGclone+163759-27

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGTGTG+163644163651-142-135
 OsREG499GGTGTGTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone+167812AK071540, J075150C06, J065053J17, J065113A08, J065092B22, J065102J24, J065149D07, J065041E04, J065169B02, AK071540, AK062996, 009-149-B02
TSS clone peakAclone+167814AK071540, J075150C06, J065053J17, J065113A08, J065092B22, J065102J24, J065149D07, J065041E04, J065169B02, AK071540, AK062996, 009-149-B02

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCCT+167763167770009-149-B02, AK062996, AK071540, J065041E04, J065053J17, J065092B22, J065102J24, J065113A08, J065149D07, J065169B02, J075150C06
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAACTGGGC+167519167526009-149-B02, AK062996, AK071540, J065041E04, J065053J17, J065092B22, J065102J24, J065113A08, J065149D07, J065169B02, J075150C06
 OsREG425AACTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCACCGCAC+167664167671009-149-B02, AK062996, AK071540, J065041E04, J065053J17, J065092B22, J065102J24, J065113A08, J065149D07, J065169B02, J075150C06
 OsREG500CACCGCAC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.