PlantPromoterDB promoter information of J090038L06

Summary of Gene (J090038L06)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0343500 NCBI
Gene model	J090038L06
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 12857564-12856365)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J090038L06 5'->3' (-) Promoter sequence AK060603 AK102274 J033089C06 J090089A17 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090038L06

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 12851741 -77

TSS clone peak G clone - 12851719 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	12851741	-77
TSS clone peak	`G`	clone	-	12851719	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCTC - 12851750 12851757 -86 -93

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCTC`	-	12851750	12851757	-86	-93
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTCGGATC - 12851797 12851806 -133 -142

OsREG546 CCGTCGGA   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG483 CGTCGGAT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG588   GTCGGATC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif

REG CCACGGCCCAAC - 12851856 12851867 -192 -203

OsREG521 CCACGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG504 CACGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG563    CGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626     GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

REG CTCGGCCCATTA - 12851897 12851908 -233 -244

OsREG575 CTCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658 TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG610     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCAATA - 12851910 12851920 -246 -256

OsREG587 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG596    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTCGGATC`		-	12851797	12851806	-133	-142
	OsREG546	`CCGTCGGA`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG483	`CGTCGGAT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG588	`GTCGGATC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif
REG	`CCACGGCCCAAC`		-	12851856	12851867	-192	-203
	OsREG521	`CCACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG504	`CACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CTCGGCCCATTA`		-	12851897	12851908	-233	-244
	OsREG575	`CTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG610	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGGCCCAATA`		-	12851910	12851920	-246	-256
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG596	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None