version
PlantPromoterDB promoter information of J090058H23

Summary of Gene (J090058H23)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0220600        NCBI 
Gene model J090058H23  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 6745227-6746426)

Genome position     
from initiation codon
013-077-C09         
AK103901            
J013028J04          
J013056J20          
J013058O03          
J013088O22          
J013124E21          
J023023L03          
J023023L21          
J023041D15          
J023056F10          
J023061N01          
J023065O09          
J023106J17          
J023119N08          
J033030I12          
J033050H18          
J033058A19          
J033065L22          
J033098O13          
J033100M18          
J033111A16          
J033111H02          
J033114B12          
J033121L14          
J033125A21          
J033128G23          
J033132O11          
J033148C12          
J033150K18          
J043017F03          
J043020L02          
J043032J02          
J053047N10          
J053056B22          
J053089P04          
J065051K09          
J065064H24          
J090001L06          
J090009K14          
J090015E16          
J090017C24          
J090028K12          
J090042H11          
J090058G15          
J090061G20          
J090069N23          
J090071A08          
J090072B07          
J090074A08          
J090077B15          
J090081K06          
J090083I05          
J090091O22          
J090091P14          
J090097L10          
J100026B11          
J100044M01          
J100046F10          
J100047D17          
J100051K14          
J100060D22          
J100060H18          
J100070I06          
J100071C04          
J100078M13          
J100080E17          
J100083I09          
TSS from cDNA
TSS information
J090058H23                       5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090058H23

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+6745992-235

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAGGCCCAACA+67457386745748-489-479
 OsREG430AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG626  GGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG594   GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAGGCCCATTTCAGCCCAACA+67457596745779-468-448
 OsREG430AAGGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474 AGGCCCAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431  GGCCCATT            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422   GCCCATTT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG657          TCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511           CAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG458            AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG594             GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCCGTTACAGCCCAACA+67457986745816-429-411
 OsREG424GGCCCGTT            PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG435        ACAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG511         CAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG458          AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG594           GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGGCCCAGA+67458296745838-398-389
 OsREG587GAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG629  GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATCGGACGG+67458936745901-334-326
 OsREG484ATCGGACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG545 TCGGACGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTCGCGCG+67459116745918-316-309
 OsREG558CTCGCGCG PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.