PlantPromoterDB promoter information of J090072L18

Summary of Gene (J090072L18)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0767100 NCBI
Gene model	J090072L18
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 33180058-33181257)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J090072L18 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090072L18

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 33182196 -62

TSS clone peak A clone + 33182201 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	33182196	-62
TSS clone peak	`A`	clone	+	33182201	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCC + 33182234 33182241 -24 -17

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCC`	+	33182234	33182241	-24	-17
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACATGGGCCTC + 33182039 33182049 -219 -209

OsREG437 ACATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCCGAG + 33182069 33182080 -189 -178

OsREG456 AGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG575     GGGCCGAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTGGGCCTA + 33182092 33182101 -166 -157

OsREG629 TCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 CTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCCG + 33182131 33182141 -127 -117

OsREG433 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566    TGGGCCCG PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACATGGGCCTC`		+	33182039	33182049	-219	-209
	OsREG437	`ACATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCGAG`		+	33182069	33182080	-189	-178
	OsREG456	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG575	`GGGCCGAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCTGGGCCTA`		+	33182092	33182101	-166	-157
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`CTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCCG`		+	33182131	33182141	-127	-117
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`TGGGCCCG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None