PlantPromoterDB promoter information of J090078C04

Summary of Gene (J090078C04)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0124500 NCBI
Gene model	J090078C04
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 1272277-1273476)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J090078C04 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090078C04

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 1273562 -615

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	1273562	-615

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCCC + 1273569 1273577 -608 -600

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCCC`	+	1273569	1273577	-608	-600
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCAGA + 1273309 1273316 -868 -861

OsREG638 GGGCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCATTT + 1273442 1273452 -735 -725

OsREG587 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431   GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGCCCATAT + 1273469 1273479 -708 -698

OsREG487 ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG480    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCAACA + 1273494 1273504 -683 -673

OsREG660 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626   GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594    GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCAACT + 1273509 1273519 -668 -658

OsREG587 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626   GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG479    GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCAGA`		+	1273309	1273316	-868	-861
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGGCCCATTT`		+	1273442	1273452	-735	-725
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCATAT`		+	1273469	1273479	-708	-698
	OsREG487	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG480	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGGCCCAACA`		+	1273494	1273504	-683	-673
	OsREG660	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGGCCCAACT`		+	1273509	1273519	-668	-658
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG479	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None