PlantPromoterDB promoter information of J090080A22

Summary of Gene (J090080A22)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0797700 NCBI
Gene model	J090080A22
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 34090671-34091870)

`Genome position from initiation codon` 005-001-F11 AK061648 AK098876 J013001D18 J033070I21 J065124F13 J065218D02 J075060K03 J100032P18 TSS from cDNA TSS information J090080A22 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090080A22

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 34091018 -103

TSS clone peak G clone + 34091083 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	34091018	-103
TSS clone peak	`G`	clone	+	34091083	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCTC + 34091084 34091092 -37 -29

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCTC`	+	34091084	34091092	-37	-29
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCCCACC + 34090846 34090853 -275 -268

OsREG651 GTCCCACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGACCCGC + 34091010 34091017 -111 -104

OsREG552 CGACCCGC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCACGCGGCCCAGCCCAACC + 34091020 34091041 -101 -80

OsREG602 GCCCACGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG530 CCCACGCG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618       GCGGCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565        CGGCCCAG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620         GGCCCAGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG603          GCCCAGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG533           CCCAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523            CCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511             CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458              AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG595               GCCCAACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCCCACC`		+	34090846	34090853	-275	-268
	OsREG651	`GTCCCACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CGACCCGC`		+	34091010	34091017	-111	-104
	OsREG552	`CGACCCGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCCCACGCGGCCCAGCCCAACC`		+	34091020	34091041	-101	-80
	OsREG602	`GCCCACGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG603	`GCCCAGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG595	`GCCCAACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None